(1) 青霉素发酵过程：
染菌会严重影响青霉素的产量和品质，因为许多杂菌都能产生青霉素酶，将青霉素分解破坏。因此，在发酵前期、中期和后期都要严格控制染菌。
(2) 核苷或核苷酸发酵过程：
由于所用生产菌种是多种营养缺陷型微生物，其生长能力差，所需的培养基营养丰富，因此容易受到杂菌的污染。在发酵前期和中期染菌后，培养基中的营养成分迅速被消耗，严重抑制了生产菌的生长和代谢产物的生成。
(3) 柠檬酸等有机酸发酵过程：
一般在产酸后发酵液的pH值比较低，杂菌生长十分困难，在发酵中、后期不太会发生染菌，主要是要预防发酵前期染菌。
(4) 谷氨酸发酵：
谷氨酸发酵周期短，生产菌繁殖快，培养基不太丰富，一般较少污染杂菌。如果种子罐染菌，危害极大，因此应严格控制种子染菌的发生。一旦发现种子受到杂菌的污染，应经灭菌后弃去，并对种子罐、管道等进行仔细检查和彻底灭菌。
2.1. 种子培养期染菌
种子培养主要是生长繁殖菌体，菌体浓度低，培养基营养丰富，此时容易染菌。应严格控制种子污染，当发现种子受污染应灭菌后弃去，并对种子罐、管道进行检查和彻底灭菌。种子培养期染菌对发酵的影响主要体现在以下几个方面：
(1)代谢受阻：如果种子培养期染菌，会导致生产菌的生长繁殖和代谢产物生成受到严重干扰。杂菌会与生产菌争夺营养成分和氧气，导致生产菌生长受阻。
(2)种子质量下降：染菌会导致种子质量下降，因为杂菌的生长会消耗培养基中的营养成分，使得生产菌无法获得足够的营养，进而影响其在发酵过程中的表现。
(3)发酵过程不稳定：种子培养期染菌会导致发酵过程变得不稳定，因为杂菌的生长繁殖会改变发酵液的理化性质，如pH值下降、糖和氮的消耗迅速等，进而影响生产菌的代谢和产物的生成。
(4)产物质量下降：如果种子培养期染菌，会对产物的质量产生负面影响。例如，丝状菌发酵被污染后，有大量菌丝自溶，发酵液发黏，有的甚至发臭。发酵液过滤困难，发酵前期染菌过滤更困难，严重影响产物的提取率和产品质量。
2.2.发酵前期染菌
发酵前期主要是菌体生长繁殖，代谢产物生成很少，此时容易染菌，污染后杂菌迅速繁殖，与生产菌争夺营养成分和氧气，严重干扰生产菌的生长繁殖和产物的生成。要特别防止发酵前期染菌。发酵前期染菌时，若营养成分消耗不多，应迅速重新灭菌，补充必要的营养成分，重新接种发酵。发酵前期染菌对发酵的影响主要体现在以下几个方面：
(1)酶活数量：发酵前期染菌会影响酶的数量。杂菌繁殖迅速，会消耗培养基中的营养成分，影响生产菌的繁殖，从而降低酶的数量。
(2)酶应用效果：发酵前期染菌会影响酶的应用效果。杂菌会产生一些代谢产物，这些产物可能与生产菌的酶发生竞争性抑制，从而影响酶的应用效果。
(3)生产顺序：发酵前期染菌会影响生产顺序。染菌后需要对设备进行消毒，这会影响生产进度和排罐计划。此外，如果杂菌繁殖过多，可能会对发酵液的质量产生负面影响。
2.3.发酵中期染菌
发酵中期染菌将严重干扰生产菌的代谢，影响产物的生成。有的杂菌繁殖后产生酸性物质，使pH值下降，糖、氮消耗迅速，菌(丝)体自溶，发酵液发黏，产生大量泡沫，代谢产物的积累迅速减少或停止，有的已生成的产物也会被利用或破坏，有的发酵液发臭。发酵中期染菌对发酵的影响主要体现在以下几个方面：
(1)干扰代谢：发酵中期染菌会严重干扰生产菌的代谢。杂菌大量产酸，导致培养液pH下降，这可能会破坏生产菌的细胞膜和细胞壁，影响其生长和繁殖。同时，糖和氮的消耗速度加快，导致发酵液发粘，菌丝自溶，产物分泌减少或停止。
(2)产生毒素：有些杂菌会产生毒素，这些毒素可能会对生产菌产生毒害，甚至会导致发酵失败。例如，大肠杆菌污染可能会导致培养液发黑、发臭，并产生大量泡沫。
(3)破坏产物：有时杂菌会利用已生成的产物进行繁殖，这会破坏产物的结构和功能，导致产物的质量和数量下降。
(4)影响后期处理：如果发酵液被杂菌严重污染，可能会对后期的处理过程产生负面影响。例如，杂菌繁殖过多会使过滤困难，影响产物的提取和精制。
2.4.发酵后期染菌
发酵后期产物积累较多，糖等营养物质即将耗尽。如果染菌量不太多，可继续进行发酵；如污染严重，破坏性较大，可以采取措施提前放罐。酵后期染菌对发酵的影响主要体现在以下几个方面：
(1)破坏产物：在发酵后期，发酵液中已经积累了大量的产物，特别是抗生素。这些抗生素对杂菌有一定的抑制或杀灭作用。如果在这个阶段发生染菌，可能会使已经生成的产物分解，导致产物的损失和质量下降。
(2)发酵液质量下降：在发酵后期，染菌会导致发酵液的质量下降。杂菌繁殖会消耗培养基中的营养成分，改变pH值，并产生一些代谢产物，这些产物可能会对生产菌的细胞膜和细胞壁产生破坏作用，影响产物的质量和产量。
(3)增加染菌风险：在发酵后期，染菌可能会使发酵液发臭、发黑，产生大量泡沫。这些现象可能会增加染菌的风险，使发酵过程变得更加不稳定和不可控。
在发酵过程中，杂菌污染是一个需要密切关注的问题。杂菌污染可能会导致发酵产物质量下降、产量减少，甚至可能导致发酵过程的失败。因此，预防和控制杂菌污染对于发酵工业来说具有重要意义。以下将从原料控制、灭菌处理、接种纯化、设备清洁、过程监控、防止空气污染、菌种保藏和废水处理等方面，探讨发酵杂菌污染的防治措施。
(1)原料控制
原料控制是预防发酵杂菌污染的第一道防线。合格的原料是保证发酵过程顺利进行的前提，因此，必须严格筛选原料，确保其不含有杂菌。同时，原料的储存和管理也至关重要。要保证原料仓库的清洁和干燥，避免原料受潮、霉变和污染。对于不合格的原料，应及时进行处理和更换。另外，还应加强对原料供应商的管理，确保原料供应链的可靠性。
(2)灭菌处理
灭菌处理是防止发酵杂菌污染的关键步骤。在发酵开始前，需要对培养基、发酵设备、管道等进行彻底的灭菌处理。常见的灭菌方法包括干热灭菌、湿热灭菌、射线灭菌等。选择合适的灭菌方法需要考虑发酵产品的性质、耐热性等因素。同时，选择合适的消毒剂也是灭菌处理的重要环节。消毒剂应具有广谱抗菌性，能够有效杀灭各种杂菌，同时还应考虑其残留效应。在使用消毒剂时，需要遵循使用指南，确保消毒剂的有效性和安全性。
(3)接种纯化
接种纯化是防止发酵杂菌污染的重要环节。在接种前，需要对菌种进行纯化和筛选，确保其不含有杂菌。同时，还需要对发酵设备、管道等进行彻底的清洗和消毒，避免杂菌的残留。在接种过程中，应避免杂菌的引入，例如使用无菌接种设备和规范的操作流程。接种后，需要对发酵液进行质量检测，如发现杂菌污染，应及时采取措施进行处理。
(4)设备清洁
设备清洁是预防发酵杂菌污染的重要措施之一。设备清洁包括对设备表面的清洗、消毒和除尘等。清洁设备可以去除设备表面的污垢、细菌等杂物，避免其成为杂菌滋生的温床。同时，选择合适的清洁剂和消毒剂也是关键。清洁剂和消毒剂应具有广谱抗菌性，能够有效杀灭各种杂菌，同时还应考虑其残留效应和使用安全性。在清洁和消毒过程中，需要注意设备的死角和缝隙等容易忽略的地方，确保设备的清洁效果。
(5)过程监控
过程监控是预防发酵杂菌污染的重要手段。过程监控包括对发酵过程中的温度、湿度、压力、气体成分、物料流量等参数进行实时监测和记录，以及时发现杂菌污染等问题。同时，在发酵结束后，需要对发酵液进行质量检测，如发现杂菌污染等问题，应及时对原因进行分析和总结，采取措施进行改进。
(6)防止空气污染
空气是杂菌传播的重要途径之一。为了预防空气污染，需要采取一系列措施。首先，应控制污染源，避免使用含有杂菌的原材料和设备。其次，应加强通风，保持发酵车间的清洁和干燥，避免空气中的湿度和粉尘对发酵过程产生影响。此外，还可以采用空气过滤器等方法，去除空气中的杂菌和尘埃，从而减少空气对发酵过程的污染。
(7)菌种保藏
菌种保藏是防止杂菌污染的重要措施之一。选择合适的保藏条件和方法可以延长菌种的保质期，并防止杂菌的污染。常用的保藏方法包括甘油保藏、真空干燥保藏、液氮保藏等。在保藏过程中，需要注意温度、湿度、氧气等参数的控制，确保菌种的安全性和稳定性。同时，还应定期对菌种进行质量检测，如发现杂菌污染等问题，应及时采取措施进行处理。
(8)废水处理
废水处理是发酵工业中防止杂菌污染的重要环节之一。废水处理应遵循严格的废水处理标准，确保排放的废水符合环境保护要求。常用的废水处理方法包括物理法、化学法和生物法等。在选择废水处理方法时，需要考虑废水的性质和成分等因素。同时，废水处理设备的选择也至关重要。设备应具有高效、稳定、耐用的特点，能够有效地去除废水中的杂菌和有害物质，确保废水处理的效果和可靠性。