1、提取法：直接从含柠檬酸的水果中提取。由于原料中柠檬酸含量很低，导致柠檬酸的生产效率太低，成本过高，现已被淘汰。
2、化学合成法：由于合成产物中含有大量的异柠檬酸，难以解决，此法也现已被淘汰。
3、发酵法：①固体发酵：例如，采用甘蔗渣和甜菜渣为固体原料进行培养发酵。固体发酵法需要的劳动强度大，生产柠檬酸的效率比较低，因此固体发酵法不适合大规模工业生产，现已被淘汰；②液体深层发酵：液体深层发酵使用大型化的发酵罐，生产规模大，生产柠檬酸的效率高，成本低，成为当前柠檬酸生产的首选；
1、柠檬酸发酵原料的来源：含淀粉的农作物、工业成品、工业下脚料均可以作为发酵生产柠檬酸的原料。
ü 农作物：玉米、大米、小麦、木薯、甘薯、土豆等；
ü 工业成品：淀粉、葡萄糖等；
ü 工业下脚料：葡萄糖母液、甜菜下脚料、甘蔗渣下脚料等；
2、选择原材料的原则：
ü 获得性：量大、易取得、便宜、易储存；
ü 加工性：品质好，淀粉含量高，处理工艺简单；
ü 安全性：对于有非转基因要求的产品，需要避免选用有转基因嫌疑的原料，比如玉米；
1、混料全渣发酵：
比如：早期的甘薯干、木薯干全渣发酵柠檬酸。
①优点：仅需对原材料进行简单的预处理，粉碎、调浆、液化（直接单罐液化）即可；
②缺点：渣多，搅拌功率大，传质效率低；有效糖浓度低；目标产物浓度低；提取收率低；菌丝体渣量大，其中含大量来源于原料的渣子，利用价值低；
2、去渣清液发酵：
比如：将玉米、木薯用于去渣清液发酵。此种发酵方法采用干法加工工艺，原料经过粉碎、液化、过滤制得糖液，再补充部分未过滤的玉米液化液，配成柠檬酸发酵培养基。
①优点：去渣后，有效改善了培养条件，同等搅拌条件下，传质效率提高；有效糖浓度高；目标产物浓度高；提取收率高，丢糖不丢酸；糖渣综合利用，冲消成本；
②缺点：原料预处理工艺复杂，但自动化控制使之变得可行；补充了部分未过滤的玉米液化液，菌丝体渣仍然比较多，其中仍然含有较多的来源于原料的渣子，利用价值不高；原料没有经过充分的加工，糖渣的附加值较低；
3、全配方清液发酵：
采用玉米、小麦等深加工得到的葡萄糖浆、葡萄糖母液等作为主原料，再补充各种营养，配制成柠檬酸发酵培养基。
①优点： 配方培养基，全清液发酵，进一步改善了培养条件，在同等搅拌条件下，传质效率进一步提高；进一步提高了有效糖浓度；目标产物浓度也进一步提高；菌丝体量少，纯度高，综合利用价值高，比如提取甲壳素；原料经过了充分的加工，有效的实现了尽量提高原材料的加工附加值；
②缺点： 原料来源受到限制，原料的储存不够方便；需要有相应原材料深加工工厂的配套，比如湿法玉米加工工厂，湿法小麦加工工厂等；