玉米淀粉作为一种多糖类物质，其分子结构主要由直链淀粉和支链淀粉两大部分构成。
直链淀粉在玉米淀粉中所占比例通常为 20%-30%，它是由葡萄糖单元通过α -1,4 糖苷键线性连接而成的长链分子 ，其聚合度（DP）一般在 2000 - 6000 之间，这种相对规则的线性结构使得直链淀粉在溶液中具有一定的伸展性，分子间作用力较弱，在加热糊化后，直链淀粉分子会从有序的结晶态转变为无序的分散态，并且在冷却过程中，直链淀粉分子间容易重新聚集，发生老化现象，从而影响淀粉的后续加工性能。
而支链淀粉在玉米淀粉中占比较大，约为 70%-80% ，它是一种高度分支的大分子，主链同样由α -1,4 糖苷键连接葡萄糖单元构成，而在主链上每隔一定距离（大约每 20- 30 个葡萄糖单元）就会通过 α -1,6 糖苷键连接一个分支 ，其聚合度（DP）可达 300,000 - 3,000,000 。这种高度分支的结构使得支链淀粉具有复杂的空间构象，分子间相互缠绕，形成较为紧密的网状结构，从而赋予了淀粉糊较高的黏度和稳定性。支链淀粉的分支结构阻碍了分子间的紧密排列，使其难以形成结晶，因此支链淀粉的老化倾向相对较弱。
直链淀粉和支链淀粉的比例及结构差异，对玉米淀粉的水解过程产生了关键影响。直链淀粉由于其线性结构，在水解酶的作用下，更容易从链端逐步被水解，水解过程相对较为顺畅；而支链淀粉由于分支众多，空间结构复杂，需要多种水解酶的协同作用，才能将其彻底水解。α - 淀粉酶能够随机作用于淀粉分子内部的 α -1,4 糖苷键，使淀粉分子迅速降解为较小的糊精片段，但对于α -1,6 糖苷键则作用有限；而糖化酶不仅可以作用于 α -1,4 糖苷键，还能缓慢作用于α -1,6 糖苷键，将糊精进一步水解为葡萄糖 。因此，在玉米淀粉水解制备葡萄糖的过程中，需要合理搭配酶制剂，并控制反应条件，以实现对不同结构淀粉的有效水解。
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